הפקולטה לרפואה הוקמה בשנת 1945 והיא אחת מחמשת הפקולטות לרפואה של אוניברסיטת צ'ארלס
בפקולטה לומדים כ 1,600 סטודנטים במסלולים באנגלית לרפואה ולרפואת שיניים. כל השיעורים בלימודים הפרקליניים והקליניים מועברים בשפה האנגלית.
שיעורי השפה הצ'כית הם חלק חובה מתכנית הלימודים במהלך השנה הראשונה והשנייה ללימודים במטרה להכין את התלמידים לתקשורת עם מטופלים בשיעורים הקליניים.
ההוראה הקלינית מתקיימת בבית החולים של הפקולטה, המונה 37 מרפאות ומחלקות עם 1400 מיטות וצוות של 4000 רופאים ואחיות.