החלק השני של הלימודים – בו לומדים הסטודנטים הן לימודים קליניים תאורטיים המתייחסים לכל אחד מתחומי המומחיות ברפואת שיניים, כגון טיפולי שורש, רפו"ש משמרת, רפו"ש לילדים, כירורגיית פה ולסת ועוד, ומבצעים את הפרוצדורות הנלמדות על בובות הפנטום.

בנוסף, עם ההתקדמות בלימודים, הסטודנטים מבצעים סבבים במרפאות המומחים המסונפות לבית הספר, וכן במחלקת כירורגיית פה ולסת בבתי החולים המסונפים. היבט נוסף המתקיים בחלק זה של הלימודים הוא קבלת מטופלים מקרב הציבור הרחב במסגרת קליניקת הסטודנטים השייכת לבית הספר, במחירים מוזלים ובפיקוח רופאי שיניים מומחים הבודקים את עבודתם. בסיומו של חלק זה ולאחר עמידה בכל הדרישות וכתיבת עבודת גמר, הסטודנטים מקבלים תואר דוקטור לרפואת שיניים (DMD) ורשאים לגשת לבחינות הרישוי.

בניגוד לתחום הרפואה הכללית, רוב רופאי השיניים במדינת ישראל עוסקים במקצועם כרופאי שיניים כלליים, ואינם ממשיכים להתמחויות השונות.

ישראלים רבים הרוצים ללמוד את המקצוע נאלצים לצאת ללמוד רפואת שיניים בחו"ל. בין היעדים הנפוצים למטרה זו נכללים צ'כיה, הונגריה, רומניה ואיטליה,  כתוצאה מכך, רובם של רופאי השיניים בישראל ,בדומה למרבית הרופאים בישראל, הם בוגרי אוניברסיטאות ללימודי רפואת שיניים בחו"ל.